500 error while normalizing ["CHEBI:17310", "DRUGBANK:DB00058"] together with drug_chemical_conflate=True

[gaurav]

@MarkDWilliams reports that the following query returns a 500 error on NodeNorm ES with conflate: True and drug_chemical_conflate: True.

["PUBCHEM.COMPOUND:5288464", "CHEBI:18332", "CHEBI:29678", "UNII:EVS87XF13W", "CHEBI:134990", "CHEBI:4027", "CHEBI:65329", "CHEBI:33007", "CHEBI:27584", "CHEBI:7956", "CHEBI:33364", "CHEBI:28299", "MESH:C000717949", "CHEBI:65408", "DRUGBANK:DB10510", "CHEBI:192408", "CHEBI:17992", "CHEBI:68656", "MESH:C545474", "CHEBI:3750", "CHEBI:16240", "CHEBI:34440", "CHEBI:28201", "CHEBI:5132", "MESH:C097284", "CHEBI:84002", "CHEBI:50867", "CHEBI:41607", "CHEBI:39168", "CHEBI:33341", "CHEBI:51450", "CHEBI:28757", "CHEBI:87235", "CHEBI:17241", "CHEBI:37527", "CHEBI:3093", "CHEBI:17574", "PUBCHEM.COMPOUND:16130978", "CHEBI:28741", "CHEBI:10106", "CHEBI:22652", "UNII:RX077P88RY", "CHEBI:77543", "CHEBI:2504", "CHEBI:16335", "CHEBI:23414", "CHEBI:27470", "MESH:D014028", "CHEBI:27214", "CHEBI:59331", "CHEBI:75142", "CHEBI:15365", "CHEBI:3360", "CHEBI:28939", "CHEBI:16664", "CHEBI:73755", "CHEBI:30513", "CHEBI:138000", "CHEBI:18145", "PUBCHEM.COMPOUND:95335", "CHEBI:46195", "CHEBI:27568", "MESH:C000628730", "CHEBI:47807", "CHEBI:34202", "CHEBI:35591", "CHEBI:46677", "CHEBI:41879", "CHEBI:15366", "CHEBI:2930", "CHEBI:310312", "UNII:Z41TGB4080", "CHEBI:52726", "CHEBI:17303", "CHEBI:42355", "CHEBI:16973", "CHEBI:28420", "CHEBI:72544", "CHEBI:9381", "CHEBI:32506", "DRUGBANK:DB10710", "UNII:641ILF0QGZ", "CHEBI:230644", "CHEBI:4034", "CHEBI:30563", "CHEBI:52492", "UNII:0YO8J06WCR", "CHEBI:28984", "CHEBI:38705", "CHEBI:61058", "PUBCHEM.COMPOUND:21897015", "CHEBI:29014", "CHEBI:254496", "CHEBI:2567", "CHEBI:16236", "PUBCHEM.COMPOUND:16014", "CHEBI:95082", "CHEBI:28262", "CHEBI:27902", "CHEBI:191396", "CHEBI:17243", "CHEBI:17941", "CHEBI:34873", "UNII:HS813P8QPX", "CHEBI:15379", "CHEBI:48843", "CHEBI:4470", "CHEBI:8665", "CHEBI:27432", "CHEBI:17747", "CHEBI:26214", "CHEBI:18227", "CHEBI:17158", "CHEBI:4356", "CHEBI:2922", "CHEBI:28619", "CHEBI:41774", "CHEBI:17588", "CHEBI:50924", "CHEBI:25322", "CHEBI:22689", "MESH:D012906", "CHEBI:29287", "CHEBI:8346", "CHEBI:229916", "CHEBI:30621", "CHEBI:16164", "CHEBI:28119", "CHEBI:30314", "CHEBI:16856", "CHEBI:15971", "UNII:97PTR2F3Z8", "CHEBI:30114", "CHEBI:16393", "CHEBI:34696", "CHEBI:27385", "CHEBI:6030", "CHEBI:17549", "CHEBI:64317", "CHEBI:81543", "CHEBI:29866", "CHEBI:47458", "CHEBI:6078", "CHEBI:34317", "CHEBI:15571", "MESH:C000602261", "CHEBI:91541", "CHEBI:28260", "CHEBI:1367", "CHEBI:6801", "CHEBI:15756", "UNII:9G2MP84A8W", "CHEBI:15930", "CHEBI:3962", "CHEBI:34631", "CHEBI:33216", "CHEBI:30512", "CHEBI:25944", "UNII:24R8721A3S", "CHEBI:35455", "MESH:D013870", "CHEBI:39170", "CHEBI:3478", "CHEBI:43602", "CHEBI:39176", "CHEBI:34911", "PUBCHEM.COMPOUND:125922", "CHEBI:32509", "CHEBI:16469", "CHEBI:29035", "CHEBI:7719", "CHEBI:68642", "CHEBI:25681", "CHEBI:38157", "CHEBI:230671", "CHEBI:88522", "CHEBI:50122", "DRUGBANK:DB10543", "CHEBI:17051", "CHEBI:34687", "CHEBI:34887", "CHEBI:28112", "DRUGBANK:DB09337", "CHEBI:5001", "CHEBI:35255", "CHEBI:17688", "DRUGBANK:DB11010", "CHEBI:75958", "CHEBI:32234", "CHEBI:9495", "CHEBI:5864", "CHEBI:18721", "CHEBI:16069", "CHEBI:17276", "CHEBI:6842", "CHEBI:27789", "CHEBI:9288", "CHEBI:28125", "CHEBI:44185", "CHEBI:15948", "CHEBI:4042", "CHEBI:17230", "PUBCHEM.COMPOUND:9904141", "CHEBI:33262", "CHEBI:5131", "NCBIGene:2876", "CHEBI:34680", "MESH:C474021", "CHEBI:31653", "CHEBI:17996", "CHEBI:44445", "CHEBI:81760", "DRUGBANK:DB10429", "CHEBI:28786", "CHEBI:39483", "MESH:D004041", "CHEBI:3175", "PUBCHEM.COMPOUND:122360683", "CHEBI:27899", "CHEBI:25805", "CHEBI:48095", "CHEBI:17846", "CHEBI:17310", "DRUGBANK:DB00058", "CHEBI:27732", "CHEBI:17895", "CHEBI:95089", "CHEBI:30136", "PUBCHEM.COMPOUND:9855813", "DRUGBANK:DB14377", "CHEBI:22977", "MESH:D019443", "CHEBI:3558", "CHEBI:26523", "CHEBI:305790", "CHEBI:92360", "CHEBI:144804", "CHEBI:15367", "CHEBI:47808", "CHEBI:28854", "CHEBI:2663", "CHEBI:22586", "CHEBI:25016", "CHEBI:64163", "CHEBI:32599", "CHEBI:4791", "CHEBI:27958", "CHEBI:17234", "CHEBI:86368", "CHEBI:2962", "CHEBI:31348", "CHEBI:28177", "CHEBI:16347", "CHEBI:27744", "CHEBI:6129", "CHEBI:9249", "CHEBI:30785", "CHEBI:6809", "CHEBI:75955", "MESH:D001335", "CHEBI:27856", "CHEBI:26401", "CHEBI:16482", "CHEBI:83732", "CHEBI:31823", "CHEBI:6908", "CHEBI:6605", "PUBCHEM.COMPOUND:3018355", "CHEBI:32497", "CHEBI:31746", "CHEBI:4806", "CHEBI:16412", "CHEBI:34682", "MESH:D007461", "CHEBI:39185", "CHEBI:24757", "CHEBI:3179", "CHEBI:28748", "CHEBI:50594", "PUBCHEM.COMPOUND:3467", "CHEBI:9753", "DRUGBANK:DB13961", "CHEBI:39285", "MESH:C509867", "CHEBI:34372", "CHEBI:52497", "CHEBI:4903", "CHEBI:8113", "CHEBI:28694", "DRUGBANK:DB14242", "CHEBI:166520", "MESH:D052638", "CHEBI:641", "MESH:D000336", "CHEBI:145499", "CHEBI:16908", "CHEBI:28216", "CHEBI:63317", "CHEBI:73169", "CHEBI:9150", "MESH:C000612485", "CHEBI:37825", "CHEBI:8069", "CHEBI:6437", "CHEBI:7494", "CHEBI:29865", "CHEBI:28842", "CHEBI:44658", "CHEBI:38221", "CHEBI:9943", "CHEBI:16796", "CHEBI:82538", "CHEBI:63933", "CHEBI:16480", "DRUGBANK:DB10575", "CHEBI:46345"]

According to @claude, the 500 error occurs if you try to normalize two CURIEs simultaneously: ["CHEBI:17310", "DRUGBANK:DB00058"] with drug_chemical_conflate turned on. The normalization works with drug_chemical_conflate turned off, and it works for each of those identifiers individually, but not together. It wrote a pretty hacky looking test for this -- good to use, but I'll probably clean this up before finalizing this: https://github.com/TranslatorSRI/babel-validation/blob/c4773b6f19fe2cceebad02157a18556292ddbc8f/tests/nodenorm/by_issue/biothings/issue_14.py

This is what NodeNorm Redis returns: https://nodenorm.ci.transltr.io/1.5/get_normalized_nodes?curie=CHEBI%3A17310&curie=DRUGBANK%3ADB00058&conflate=true&drug_chemical_conflate=true&description=false&individual_types=false&include_taxa=true

This might be a bug in how the conflation is represented in the source JSON files I sent y'all, but we should be able to return sensible returns for this query (even if it doesn't match NodeNorm CI exactly), not get a 500 error.

This error occurs on https://biothings.ci.transltr.io/nodenorm/api/doc as well, which is what we'd expect.